Schnittprodukte isolieren: Gelextraktion

Eine Gelextraktion wird zur Trennung von "gewünschter" DNA von "ungewünschter" DNA eingesetzt. Über diese Methode können die Fragmente eines präparativen Restriktionsverdaus isoliert oder die Produkte einer präparativen PCR von den dNTSs, Primern und Nebenprodukten getrennt werden.

Für eine Gelextraktion wurde die DNA in einem 1 %igen Agarosegel (enthält ca. 0,1 µg/ml Ethidiumbromid) aufgetrennt. Es wurde der Molekulargewichtsmarker "λ DNA/Eco47I" verwendet. Es wurde jeder Probe 1 µl DNA-Farbmarker je 10 µl beigemischt.

Neben der Spur der zu extrahierenden DNA wurde ein kleines Volumen derselben DNA-Lösung aufgetragen, die als Laufkontrolle der Fragmente und damit der Markierung der auszuschneidenden Fragmente diente, da die DNA-Fragmente ohne UV-Licht ausgeschnitten werden. Zum Ausschneiden der DNA-haltigen Gelstücke wurden die Spuren mit der Hauptmenge an DNA vom Hauptgel abgetrennt und zunächst beiseite gelegt. Im UV-Licht wurde anhand der Laufkontrolle, welche weniger DNA enthielt, die Lage der DNA-Banden bestimmt und mit einem Schnitt markiert. Es wurde das UV-Licht ausgeschaltet, die Spuren mit der Hauptmenge an DNA wieder angelegt und anhand der Schnittmarkierungen die entsprechenden Banden mit viel DNA ausgeschnitten und in Eppendorf-Reaktionsgefäße überführt, welche zuvor ausgewogen wurden. Durch eine Wägung der Eppendorf-Reaktionsgefäße mit den Gelstücken wurde die Masse der Gelstück bestimmt und zur weiteren Aufreinigung das "QIAquick® Gel Extraction Kit (250)" verwendet. (Firma: QIAGEN; Katalognummer: 28706; Chargennummer: 11874081; Handbuch: Juli 2002, QIAquick Spin Handbook, Protokoll: QIAquick Gel Extraction Kit Protocol using a microcentrifuge)